南宋荆湖制置使孟珙增修孔子庙，大思想家、理学之集大成者朱熹（公元1130年??1200年）来此讲学，传道授业，答疑解惑，并题诗赠孔子山庙学。诗云：“苍颜已非十年前，把镜回看一怅然。履薄临深谅无几，且将余日付残编。”朱子此时已年近七十，有时不我待之感。
元初，江西庐陵名儒、南宋末时湖广儒学提举龙仁夫，拒元不仕，效仿长沮、桀溺归隐孔子山中，在此首创问津书院（时人称“孔子山庙学”或“龙仁夫书院”），筑室讲学。平生以重道为已任，博学多闻，所撰《周易集传》18卷，见解独到。卒年90余岁，葬于阳逻华山。后学颇推崇其气节，多有赞颂。其墓旁及问津书院分别建有祠堂，立有牌位，每年都要凭吊、奉祀。
元未，陈友谅起义军攻占新洲城，并称帝于邾城。朱元璋进攻新洲，打败陈友谅。孔庙、书院惨遭兵燹，毁于战火。后经地方官吏和儒士多次修复，但规模大不如从前。
明朝，尚书耿定向、御史舒山、湖广巡抚熊尚文等高官鼎力相助，两次大规模复建书院，孔子庙与学宫合建，并在河南商城汤池建问津书院分院。熊尚文还题写了“问津书院”四字。“一时鄂城、汉上、衡山、耒阳以及京都之首善、江右之澹祠、无锡之东林，互相章明，而问津之盛遂擅天下。”明代南昌大儒朱试曾说：“澹祠、问津，彼此相望，大张正学，俾江楚俨然邹鲁，诚确论也。”
明未崇祯八年，书院又毁于战乱。清代，康熙初年再度复修并扩建。清咸丰初年，太平天国军与曾国藩的湘军大战新洲，书院三度兵燹，同治、光绪年间又数次复修并予扩建。清代康熙、嘉庆两皇帝御赐问津书院“万世师表”、“圣集大成”金匾，更使其声播海内，名噪一时。湖广提学使蒋永修撰千余言，作“重修问津书院碑记”。
民国初年，著名书法家、孙中山总统府官员张翼珍为问津书院重修题写“问津书院”石匾。其后，作为小学、初中、干训场所存在了几十年。“雾暗秦碑涩，云生汉殿荒。空余耦耕地，今古共栖皇。”秦时明月依旧，汉唐繁华无驻。十年“文革” 尤如十年梦魇，历朝历代官府和文人墨客打造的楚天学府已是满目疮痍。她由一个腰缠万贯的富翁，变成了一个家徒四壁的穷汉。供奉千年的孔子、朱子塑像被推倒，康熙嘉庆御匾被抢，碑刻成了农家庭院的垫脚石，孔叹桥面盖了房，典籍散失，礼器无存，千年古树横遭砍伐。实在令人痛首扼惋！仅存的布满青苔的大成殿、空空如也的仲子祠、朱子祠，以及大成殿内外半石半木的高高支柱，台阶前雕刻有五爪龙的残缺不全的汉白玉墀，还可想见这里曾百官朝觐、名儒讲学、众生会试的盛况。
明时，问津书院建筑规模最盛，占地数十亩，为一座三高六矮十三幢五十余间宫殿式建筑群。她座山依水，面南而向。前有清溪盘纡，后有碧嶂环抱。上倚观川之危石，下临涤笔之污潴。钟鼓扬灵于河曲，弦歌流韵于山隅。远观鳞次栉比，气势恢宏；近视门庭壮阔，富丽堂皇。建筑布局为轴对称式，中轴线上为主体建筑，分列上、中、下三幢，自前而后，依次为仪门、讲堂、正殿；左右两旁为东西二庑；二庑之外，另建有亭、斋、楼、阁数栋。正殿由数根银朱油漆的粗园木柱支撑而起，空旷而又轩昂，内奉孔子圣像。圣像两旁，有联云：“圣人在上，贤人在旁，恍见当年执辔时，车马风尘，早已化成南国；传道得徒，行道得侣，试观此日问津处，文章礼乐，居然教衍东山。”
我国古代书院，始于唐，盛于宋，元、明、清亦有发展。唐代书院，以校刊经典、征集遗书、辩明典章、咨询应对为主。宋时书院则以研习儒家经籍，普及儒道为主，广徕大儒，讲学其间，有时也议论时证。元世祖忽必烈认识到：“马背上只能打江山，马背上不能坐江山”， 重视学习汉文化，更加重儒。元代各路、府、州、县皆设书院，当时湖北就设有23所书院。问津书院在元代就颇具影响。
自汉以来 悠悠二千余年，问津书院文人荟萃，名流如潮，繁华纷呈。杜牧、朱熹、龙仁夫、耿定向、朱试、王阳明、陈大章、张之洞等耆儒、大家、名流在此设坛讲学，书简论道，会讲风气蔚盛不衰，是学术交流、研讨之地，也是培养人才的基地；她兼收并蓄，繁华纷呈，咨询国是，集儒、楚文化之精华，拥无尽文人之辉煌，呈现了百家争鸣、人才辈出的杏坛繁荣局面，风动海内，名噪华夏。足可与岳麓书院、白鹿洞书院、东林书院、首善书院相比肩，在中国文化史、教育史上具有重大影响。孔子曾在此问津讲学，其厚重的文人背景，轰动的学林效应，气势恢宏的建筑，作为湖北惟一仅存的儒学历史纪念建筑物，其文人价值不在千古名楼黄鹤楼之下。已被列为省级文物保护单位，得到了各级政府和社会各界的高度重视和广泛关注，拟作为武汉历史文化旅游重要景点来开发建设。全国政协副主席张思卿曾亲往书院视察，并要求保存、维护、开发利用好这一重要古文化遗产，发展文化旅游事业，为经济建设服务。
