列车长决定由他和司机驾驶红鼻子火车过桥，他命令蜘蛛姑娘下车，但她们喜欢冒险，不肯下去。红鼻子火车启动了，它的两个前轮准确地压上木棍桥。接着整个火车头驶上桥面。忽然左边那根木棍一动，眼看火车头就要栽进河里。乘警和乘务员冲上去，拼命顶住木棍。
红鼻子火车终于从木棍桥上开过去了，大家欢呼起来。蜘蛛姑娘感谢列车员们的勇敢行为，她们觉得这些小老鼠挺可爱。天亮了，她们又提出要回家。列车长说：“我们对这一带的路不大熟悉……”蜘蛛姑娘说：“我们认识。”一位蜘蛛姑娘到驾驶室给司机指路。
另一位对列车长说：“我给你们画一张地图吧！”列车长很高兴，让乘务员拿来一张纸，铺在桌子上。蜘蛛姑娘往纸上吐了一条丝，当做路线。可惜丝的颜色和纸的颜色一样，看不清。她问：“有墨水吗？”货运员拿来墨水，蜘蛛姑娘喝了几口。一会儿，她吐出蓝色的丝，画好了一张地图。
火车忽然停了，列车长向外一看，原来下面有许许多多蚂蚁排着长长的队伍，正吃力地搬着物品。列车长跳下火车，来到蚂蚁队伍旁问：“你们是搬家吗？”一只蚂蚁说：“快下雨了，我们把家搬到高处去。”列车长说：“坐我们的火车搬家吧！”一只蚂蚁跑去请示蚁王，蚁王来了，她很感谢列车长提供的帮助。火车开到蚂蚁洞口旁。
货车车厢门对准洞口，蚂蚁们排成一行往车厢里传送物品，货运员担任指挥。
一只岁数大的蚂蚁慌张凑到蚁王身边，小声说：“这就是被通缉的那列强盗火车。”蚁王大吃一惊。蚁王看到马上就要下雨，决定冒一次险，她吩咐兵蚁作好战斗准备。立刻，每个列车员身边都出现了四只兵蚁。列车员们只顾帮助蚂蚁装车，没注意到自己已被监视了。
货物装完了，蚂蚁们踏进客车车厢。车厢里都坐满了，乘务员忙着给乘客倒水。老蚂蚁劝蚁王坐轿子走，可以安全些。但蚁王坚持要坐火车。列车长陪同蚁王来到餐车。蚁王派了四只兵蚁给司机指路。四只兵蚁站在司机身后，随时准备同司机搏斗。
下雨了，列车长命令：“开车！”红鼻子火车拉着满满一车蚂蚁和货物启程了。老蚂蚁悄悄对蚁王说：“咱们应该通知所有蚂蚁作好战斗准备。”蚁王同意了。秘密命令立即传达到每一只蚂蚁，大家一听说这是被通缉的强盗火车，都紧张起来。
大师傅把饭菜端到蚁王面前让她用餐。蚁王伯饭里有麻醉药，不敢吃。她命令一个蚁兵把饭菜都尝一口。大师傅很生气，端起饭菜走了。蚁王断定饭菜里一定有药。
硬座车厢里的蚂蚁们也都不敢喝水了，不管乘务员怎么劝，他们就是不喝。
火车突然停了。老蚂蚁说：“不好，快发信号！”蚁王命令信号兵吹起紧急号。餐车的兵蚁们立即把厨房门反锁上，将大师傅关在厨房里。硬座车厢的蚂蚁们一拥而上，把乘务员死死按在地上。
这时给司机带路的一只蚂蚁跑进餐车告诉蚁王，雨太大，司机看不清路面。为了安全，火车得停一会儿。蚁王愣了，她急忙命令停止战斗，释放大师傅和乘务员。正在这时，列车长和乘警走进餐车。看到刚从厨房放出来的大师傅，乘警问：“你怎么了？”大师傅看看蚁王，没说话。蚁王挺不好意思。
红鼻子火车驶到目的地。蚂蚁们在列车员的帮助下往车下搬东西。蚁王红着脸，对列车长不知该说什么好。
老蚂蚁握着列车长的手说：“对不起你们。”
红鼻子火车在蚂蚁们的欢送中启动了，它驶进一片森林。忽然传来“砰”的一声枪响。
列车长跑到窗口一看，只见一只小鸟从树上掉下来，身上流着血。远处一个人拿着枪跑过来，列车长跳下火车，抱起小鸟就往火车上跑。那个端枪的人向红鼻子火车射击，卧铺车厢的一块窗玻璃被打碎了，正在休息的老鼠兄弟们被惊醒了。
列车长扶着受伤的小鸟走进来。小鸟的伤口还在流血，需要手术，大家才感到火车上缺少一位医生，蜘蛛姑娘想试着给小鸟做手术。大师傅撕开床单做绷带，乘警拿来水果刀充做手术刀。乘务员很着急：“没有麻药怎么办？”蜘蛛姑娘想了想说：“你们唱歌，音乐能当麻醉药。”
手术开始了，列车员们不顾自己嗓子不好，唱起了歌。小鸟的嘴角露出笑容。小鸟身体里的弹头取出来了。
蜘蛛姑娘又吐出丝来，把小鸟的伤口缝住了。手术成功了。大师傅给小鸟端来了病号饭，小鸟感激得说不出话来。
列车长对蜘蛛姑娘说：“你们快到家了，准备下车吧！”她们却说：“不，等把小鸟的伤治好再走！”小鸟的伤很快好了，他要回家，大家在餐车里为他举行欢送会，他含着热泪为朋友们演唱了动听的歌曲。红鼻子火车把小鸟送到了家。他的爸爸妈妈听说小老鼠救了自己的孩子，感激得掉下眼泪。
